圣驾抵达南京自然还有一系列礼仪，如皇帝需要接见南京勋贵、南京六部官员等等，这些闲事不必一一描述。至于高务实，作为内阁首辅，他有更重要的事情需要立刻办理，即连夜与沈一贯等人商议出拜谒孝陵的具体安排。
拜谒孝陵一事之所以没有提前做好安排是有原因的，原因就在于皇帝南下的行程并不能完全计算精确。封禅大典之前的行程还好办，毕竟从京师到泰安路途有限，时间上可以掐得比较准。封禅大典之后的行程，则一开始就留下了一定的冗余。
为何要留冗余？因为多灾多难啊！这些年的气候环境十分诡异，水旱蝗风瘟震雪，真个是多灾频发。京师到山东因为离中枢够近，朝廷尚能准确掌握情况，可以较好的规划出严密的行程。而从山东再往南就不好说了，因此只能留够冗余。
然而这冗余也不能留太多，因为圣驾必须在最迟三月之前抵达南京，否则就赶不上今年的清明祭，很难安排一个合适的拜谒时间。
这里就不得不把大明朝复杂的祭祀制度简略介绍一小部分，当然这里只讲帝陵祭祀，而且只讲祭祀时间。
有明一代帝陵的祭祀时间分为两种：一种是常规的祭祀时间，如正旦、清明、中元等节日。这种常规祭祀时间里，皇帝偶尔亲自去祭拜，当然大多数时间是遣官代祭。
另一种是非常规的祭祀时间，如皇帝要自己选择寿域，去巡视时自然要先对先祖的陵寝进行祭拜。不过，朱翊钧的帝陵早就选好并在营建之中，自然不会在南京选什么寿域，因此他不能用这个借口去拜谒太祖孝陵。
在常规祭祀时间上，随着帝王更迭，制度也有所改变。或删减原祭祀时节，或增加新的祭祀时间。增减的原则基本是依皇帝意愿而定，皇帝又以维护自身的正统性、权威性为主要更改原则的考虑因素。
一般而言，祖陵大祀为冬至和正旦(正月初一)，小祀为清明、中元、孟冬和每月朔望。皇陵每岁冬至、正旦以太牢，清明、中元、孟冬以少牢，俱署官行礼。皇陵与祖陵在常规祭祀的时间上是一致的。
如今已然是二月底了，冬至和正旦已经过去，总不能让皇帝在这儿等上大半年再去拜谒，因此只能就近选一个小祀之日，也就是只有清明最为合适，因为中元也得等到下半年了。
清明不是一个固定时间的节日，它是冬至后的一百零四日，而今年的清明则是三月初三——所以圣驾最后在二月底赶到南京，就是因为至少还要留出三天时间斋戒。
不得不说，修整拓宽之后的运河通航效率确有提高，而高务实早些年强令京华攻坚研究出的新式硬帆也对提高航速颇有帮助，否则一个半月的时间，途中还偶尔因事逗留，圣驾可就真赶不到南京了。
提前几日抵达之后，皇帝只要老老实实斋戒三天即可，而内阁、礼部及其他相关衙门要考虑的事情就很多了。
由于陵祭属于大明国家祭祀体系的一部分，也是明朝的公祭活动之一，再加上此次拜谒孝陵拥有巨大的政治意义，因此参与负责的机构及人员也就难免众多。本次参与拜谒安排准备的人员从机构上看可以分为三个部分：
第一是和陵祭直接相关的国家管理机构，包括礼部、太常寺、翰林院、光禄寺、鸿胪寺和钦天监；
第二是和陵祭间接相关的机构，如负责监察的都察院、六科，负责护卫的锦衣卫，工部和户部也有少量工作参与其中；
第三部分则是地方设置的陵祭机构，如祠祭署、陵卫等。
当然，随着内阁权力的日益扩大，内阁又对以上三个部分都负有“领导责任”，需要统筹规划以上三个部分的意见和建议，形成最终安排交给皇帝审阅批准。
好在大明的基本礼制非常清楚，即便要调整也只是细节调整，大体上还是可以按照既有制度来进行，而这些制度礼部是有明确的记录可查的。
大明的陵祭仪式本就是彰显皇帝权威与合法性的重要表达方式，因此仪式繁多，场面宏大。而陵祭的仪式刚才提过一句，主要有两种形式：一种是皇帝躬祭，另一种是遣官祭致祭。
皇帝躬祭整体上分为三个部分，即：发京、致祭和回銮，但在此之前要做好准备工作。
首先皇帝决定祭陵，先通知礼部，让礼部选择陵祭的具体日期及上呈仪注详情，然后再交由皇帝决定何日祭祀。发京之日皇帝免朝，皇帝的车驾由长安左门出发，后妃辇轿由东安门出——这是指在北京时，不过南京也有相应城门，这倒不是问题。
致祭：清明行春祭礼，皇帝在内赞官引导下完成跪拜礼。回銮：祭拜完成，陪祀的官员先行趋赴感思殿门外候驾。当天皇上的车驾便出发回京，免朝。
若皇帝不能亲自祭陵，则往往遣太子、亲王、勋贵、重臣代祭，以表思念之情。代祭人员的地位必然尊贵，比如高务实在京时也曾多次奉旨去万寿山代祭皇陵。这个好理解，不多说。
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